Curriculum Vitae

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Short description

Yoshiyuki ASAI received his Bachelor's degree from Department of Biophysical Engineering in 1998, and Master's degree in 2000 and Ph.D. (engineering) in 2003 from Graduate School of Engineering Science at Osaka University. During his postdoctoral researches, he had a position in Graduate School of Engineering, Osaka university, and visited Neuroheuristic Research Group led by Prof Alessandro E. P. Villa in ISI Foundation in Torino, Italy and in Lausanne University, Switzerland for two years from 2003. He got a position of a research scientist in National Institute of Advanced Industrial Science and Technology (AIST) in 2005. In October, 2007, he started to work as a specially appointed associate professor in the Center for Advanced Medical Engineering and Informatics (MEI Center) in Osaka University. In October, 2010, he took up the current position as a group leader in the Open Biology Unit led by Dr. Hiroaki Kitano, in Okinawa Institute of Science and Technology (OIST). In April 2015, the unit name changed to the Integrated Open Systems Unit. He acted as a researchers representatives in OIST Researchers Community from 2014 June till now.

Education/Training

  • POSTDOCTORAL April 2004 - March 2005Supervisor: Prof. Tetsuya Yagi, Prof. Alessandro E.P. Villa.
    Place: Graduate School of Engineering, Osaka university (Japan). Neuroheuristic Research Group, ISI Foundation (Italy). Lausanne University (Switzerland).
    Field: Theoretical neuroscience.
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  • POSTDOCTORAL April 2003 - March 2004Supervisor: Prof. Shunsuke Sato, Prof. Alessandro E.P. Villa.
    Place: Graduate School of Engineering Science, Osaka university (Japan). Neuroheuristic Research Group, ISI Foundation (Italy). Lausanne University (Switzerland).
    Field: Theoretical neuroscience.
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  • PH.D (ENGINEERING) March 2003Supervisor: Prof. Shunsuke Sato.
    Place: Graduate School of Engineering Science, Osaka university (Japan).
    Field: Dynamical systems, Biophysical and Medical Engineering.
    Title: “Emergence and breakdown of human motor coordination based on nonlinear dynamical system theory”
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  • MASTER’S DEGREE March 2000Supervisor: Prof. Shunsuke Sato.
    Place: Graduate School of Engineering Science, Osaka university (Japan).
    Field: Dynamical systems and Biophysical Engineering.
    Title: “Bifurcation of oscillations in a weakly coupled Bonhoeffer-van der Pol equations”
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  • BACHELOR'S DEGREE March 1998Supervisor: Prof. Shunsuke Sato.
    Place: Department of Biophysical Engineering, Osaka university (Japan).
    Field: Dynamical systems and Biophysical Engineering.
    Title: “Behavior of Symmetrical Coupled BVP Equations”
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Work Experiences

  • April, 2015 - CURRENTGroup Leader in the Integrated Open System Unit, Okinawa Institute of Science and Technology (Japan)
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  • OCTOBER, 2010 - March, 2015Group Leader in the Open Biology Unit, Okinawa Institute of Science and Technology (Japan)
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  • OCTOBER, 2007 - SEPTEMBER, 2010Specially Appointed Associate Professor, The Center for Advanced Medical Engineering and Informatics, Osaka university. (Japan)
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  • APRIL, 2005 - SEPTEMBER, 2007Research Scientist, National Institute for Advanced Industrial Science and Technology. (Japan)
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  • APRIL, 2004 - MARCH, 2005Research Fellow of the Japan Society for the Promotion of Science (PD) Graduate School of Engineering, Osaka University. (Japan) Neuroheuristic Research Group, ISI Foundation. (Italy), Lausanne University. (Switzerland)
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  • APRIL, 2003 - MARCH, 2004Research Fellow of the Japan Society for the Promotion of Science (PD) Graduate School of Engineering Science, Osaka University. (Japan) Neuroheuristic Research Group, ISI Foundation. (Italy), Lausanne University. (Switzerland)
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  • APRIL, 2002 - MARCH, 2003Research Fellow of the Japan Society for the Promotion of Science (DC2) Graduate School of Engineering Science, Osaka University. (Japan)
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  • APRIL, 2000 - MARCH, 2003Teaching assistant Graduate School of Engineering Science, Osaka University. (Japan)
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Teaching Experiences

  • PhD Student2015, Okinawa Institute of Science and Technology (OIST)
    "Pancreas beta cell model development, and simulation of insulin secretion process"
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  • PhD Student2015, Okinawa Institute of Science and Technology (OIST)
    "Model development and simulation of control system of mRNA production and degradation process"
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  • Master course student, Sub-supervision2010: Graduate School of Engineering Science, Osaka University.
    "A real-time balancing task of an inverted pendulum using ankle muscle EMG during human upright stance"
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  • Master course student, Sub-supervision2008: Graduate School of Engineering Science, Osaka University.
    "Bounded stability of an inverted pendulum as a model of human quiet standing"
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  • Systems Biology Hands-onTerm: 2013-2015
    Target: Okinawa Institute of Science and Technology Graduate University
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  • "Advanced Multilayer Modeling of Physiological Fucntions" Special LectureTerm: July 13, 2015
    Target: Okinawa National College of Technology (Prof Shinya Ikematsu)
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  • "Basic and Application of Dynamical System" Basic Math 2Term: May 1, 2014
    Target: Kyushu Institute of Technology (Prof. Hiroaki Wagatsuma)
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  • "Global Challenges from Okinawa" Special Lecture for Global Human Resource DevelopmentTerm: December 13, 2013
    Target: Niigata university (Prof. Yoshinobu Maeda)
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  • "An open system and mathematical models in the integrated life science" Invited lectureTerm: July 22, 2011
    Target: Italia, University of Torino (Prof. Laura Sacerdote)
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  • Bioengineering Practical Training Term: 2009 - 2010.
    Target: graduate students at Graduate School of Engineering Science, Osaka University.
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  • Advanced BiosimulationTerm: 2009 - 2010.
    Target: graduate students at Graduate School of Engineering Science, Osaka University.
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  • Algebra (Teaching assistant)Term: 2000 - 2003.
    Target: under graduate students at Department of Engineering Science, Osaka University.
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  • Computer science (Teaching assistant)Term: 2000 - 2003
    Target: under graduate students at Department of Engineering Science, Osaka University.
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Research Grants

  • April 2016 - March 2019. Grant-in-Aid for Scientific Research (C) Versatile simulation platform bridging insilico simulations and things over network. (Project Number: 16K00410)
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  • September 2015 - March 2018. Okinawa Medical Industry Reinforcement Grant (Prof. Kitano, H., OIST)Next generation platform of multilevel systems pharmacodynamics for high efficient drug discovery
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  • April 2015 - March 2016. NIJC, RIKEN BSI Collaborative Research Fund for DynamicBrain Platform (Prof. Wagatsuma, H., Kyu-tech)Development of mapping technology between brain atlas and models.
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  • April 2014 - March 2017. Grant-in-Aid for Scientific Research (A) (Prof. Kurihara, S.UEC )Extraction of the agricultural tacit knowledge by multi-stage data mining combining the group intelligence and mathematical modeling. (Project Number: 26240032)
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  • April 2013 - March 2015. Grant-in-Aid for Young Scientists (B)Development of the infostructure for multilevel neural system modeling. (Project Number: 25730180)
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  • April 2013 - March 2015. NIJC, RIKEN BSI Collaborative Research Fund for DynamicBrain Platform (Prof. Wagatsuma, H., Kyu-tech)Development of the DBPF and SimPF crossover framework for modeling and simulation.
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  • April 2012 - March 2013. NIJC, RIKEN BSI Collaborative Research Fund for DynamicBrain Platform (Prof. Wagatsuma, H., Kyu-tech)PhysioDesigner extension for modeling of brain function.
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  • April 2010 - March 2015. Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Prof. Kurachi, Y., Osaka univ.)Establishment of Integrative Multi-level Systems Biology and its Applications. (Project Number: 22136002)
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  • April 2008 - March 2011. GRANT FOR YOUNG RESEARCHERS OF GLOBAL COE (Prof. Nomura, T., Osaka univ.)Development of the model descriptive language insilicoML, the model builder insilicoIDE and the simulator insilicoSim.
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  • April 2008 - March 2010. GRANT-IN-AID FOR EXPLORATORY RESEARCHDevelopment of a platform for mathematical modeling aiming at establishing the physiome database. (Project Number: 20650012)
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  • April 2007 - March 2009. JAPAN-FRANCE RESEARCH COOPERATIVE PROGRAMExperimental and Theoretical Study for Developing the Neuronal Discharge Recognition System with Unsupervised Learning. (with Prof. Alessandro E. P. Villa, Univ. Grenoble)
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  • April 2004 - March 2005. A CANON FOUNDATION IN EUROPE RESEARCH FELLOWSHIP Temporal interactions and nonlinear dynamics in multiple spike trains recorded in human patients and experimental subjects.
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  • April 2004 - March 2005. GRANT-IN-AID FOR JSPS FELLOWSCerebrospinal mechanism for controlling the dynamic stability of periodic movements. (Project number: 16-7735)
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  • April 2002 - March 2004. GRANT-IN-AID FOR JSPS FELLOWSA theoretical study of cerebrospinal mechanism controlling the dynamic stability of locomotion. (Project number: 14-0485)
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Awards

  • 2016, Japan Solar Energy Sosciety AwardT. Sakagami, Y. Asai, M. Nishimura, K. Nishina, K. Tokuda, D. Kawamoto, M. Tokoro, H. Kitano. Demonstration of DC microgrid system in Okinawa. Solar Energy, 41 (5), pp.43-51, 2015.
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  • 2012, The Society of Instrument and Control Engineers AwardY. Asai, T. Nomura. Open platform for promoting integrative life science in Physiome.jp. Journal of the Society of Instrument and Control Engineers, 49, pp.525-529, 2010.
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略歴

2003(平成15)年3月に大阪大学大学院基礎工学研究科において博士(工学)を授与された後, JSPS特別研究員(PD)として同大大学院工学研究科ならびにISI foundation (Italy), Lausanne University (Swtizerland) において神経回路ダイナミクスと情報処理に関する計算論的研究,スパイクソーティングアルゴリズムの開発に従事.2005(平成17)年4月より産業技術総合研究所人間福祉医工学研究部門の研究員に着任.非侵襲的中心動脈硬化度評価方法の開発,運動機能評価・膝関節運動制御機構に関する実験的研究,神経回路ダイナミクスに関する研究,リアルタイムスパイクーソーターの開発に従事.2007(平成19)年10月より大阪大学臨床医工学融合研究教育センターの特任准教授に着任.神経回路による情報伝達・処理機構に関するシミュレーション研究,計算論的アプローチによる静止立位姿勢の制御機構に関する研究,ならびに,フィジオームにおける多階層モデリングのためのオープラットフォームの開発に従事.チーフデベロッパーを務める.2010(平成22)年10月より沖縄科学技術研究基盤整備機構オープンバイオロジーユニットのグループリーダに着任.フィジオーム・システムバイオロジーにおける統合的モデリングを支援するオープンプラットフォームの開発,ならびに神経回路による情報伝達・処理機構に関する計算論的研究に従事.2011(平成23)年11月より沖縄科学技術研究基盤整備機構は沖縄科学技術大学院大学学園に改組.2015(平成27)年4月よりオープンバイオロジーユニットは統合オープンシステムユニットに改名。2014(平成26)年6月よりOISTリサーチャーコミュニティー(ORC)の研究員代表を務める。

学歴

  • ポスドク 2004(平成16)年4 - 2005(平成17)年3指導教員: 八木哲也教授, Alessandro E.P. Villa教授.
    場所: 大阪大学大学院工学研究科. Neuroheuristic Research Group, ISI Foundation (Italy). Lausanne University (Switzerland).
    分野: 理論神経科学.
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  • ポスドク 2003(平成15)年4 - 2004(平成16)年3指導教員: 佐藤俊輔教授, Alessandro E.P. Villa教授.
    場所: 大阪大学大学院基礎工学研究科. Neuroheuristic Research Group, ISI Foundation (Italy). Lausanne 大学 (Switzerland).
    分野: 理論神経科学.
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  • 博士(工学) 2003(平成15)年3指導教員: 佐藤俊輔教授.
    場所: 大阪大学大学院基礎工学研究科システム人間系.
    分野: 生体工学,力学系,医用工学.
    テーマ:「非線形力学系理論に基づくヒトの協調運動生成とその崩壊に関する研究」
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  • 修士 2000(平成12)年3指導教員: 佐藤俊輔教授.
    場所: 大阪大学大学院基礎工学研究科システム人間系.
    分野: 生体工学,力学系.
    テーマ:「弱く結合した2つのBVP方程式における振動解の分岐に関する理論的研究」
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  • 学士 1998(平成10)年3指導教員: 佐藤俊輔教授.
    場所: 大阪大学基礎工学部生物工学科.
    分野: 生体工学,力学系.
    テーマ:「対称に結合したBVP方程式の振舞いについて」
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職歴

  • 2015(平成27)年4月 - 現在グループリーダー.沖縄科学技術大学院大学統合オープンシステムユニット(沖縄県恩納村)
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  • 2010(平成22)年10月 - 2015(平成27)年3月グループリーダー.沖縄科学技術大学院大学オープンバイオロジーユニット(沖縄県恩納村)
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  • 2007(平成19)年10月 - 2010(平成22)年9月特任准教授.臨床医工学融合研究教育センター・大阪大学(大阪府箕面市)
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  • 2005(平成17)4 - 2007(平成19)9研究員.産業技術総合研究所(茨城県つくば市)
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  • 2004(平成16)年4月 - 2005(平成17)年3月JSPS特別研究員(PD) 大阪大学大学院工学研究科(大阪府吹田市),Neuroheuristic Research Group, ISI Foundation. (イタリア)Lausanne University (スイス)
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  • 2003(平成15)年4月 - 2004(平成16)年3月JSPS特別研究員(PD) 大阪大学大学院基礎工学研究科(大阪府吹田市),Neuroheuristic Research Group, ISI Foundation (イタリア), Lausanne University. (スイス)
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  • 2002(平成14)年4月 - 2003(平成15)年3月JSPS特別研究員(DC2) 大阪大学大学院基礎工学研究科(大阪府吹田市)
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  • 2000(平成12)年4月 - 2003(平成15)年3月ティーチングアシスタント.大阪大学大学員基礎工学研究科 (大阪府箕面市)
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教職歴

  • 博士学生指導期間:平成27年度
    対象:沖縄科学技術大学院大学博士学生
    膵臓β細胞モデルの構築とインスリン放出プロセスのシミュレーション研究
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  • 博士学生指導期間:平成27年度
    対象:沖縄科学技術大学院大学博士学生
    mRNAの生成と分解プロセスの制御のモデル開発ならびにシミュレーション研究
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  • 修士論文指導期間:平成20年度 - 平成22年度
    対象:大坂大学大学員基礎工学研究科博士課程前期学生
    ヒト直立姿勢中の脚部EMGによる倒立振子のリアルタイムバランス制御タスク
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  • 修士論文指導期間:平成19年度 - 平成20年度
    対象:大坂大学大学員基礎工学研究科博士課程前期学生
    ヒト静止立位姿勢モデルとしての倒立振子モデルの有界安定性の検討
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  • システム・バイオロジー演習期間: 平成25年度-平成27年度
    対象: 沖縄科学技術大学院大学
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  • "多階層生体機能モデリングの最先端" 専攻科実験・特別授業期間: 平成27年7月13
    対象: 沖縄工業高等専門学校創造システム工学専攻(担当:池松真也先生)
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  • "ダイナミカルシステムの基礎と実践" 数学基礎2期間: 平成2651
    対象: 九州工業大学人間知能システム工学専攻(担当:我妻広明先生)
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  • "Global Challenges from Okinawa" グローバル人材育成推進事業の特別講義期間: 平成251213
    対象: 新潟大学自然科学研究科(担当:前田義信先生)
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  • "An open system and mathematical models in the integrated life science" 招待講演期間: 平成23722
    対象: イタリア・トリノ大学(担当:Prof. Laura Sacerdote)
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  • 生物工学演習期間: 平成21年度 - 平成22年度
    対象: 大阪大学大学院基礎工学研究科博士前期課程
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  • アドバンスド・バイオシミュレーション演習期間: 平成21年度 - 平成22年度
    対象: 大阪大学大学院基礎工学研究科博士前期課程
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  • 代数学(ティーチングアシスタント)期間: 平成12年度 - 平成15年度
    対象: 大阪大学基礎工学部学部生
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  • 計算科学実習(ティーチングアシスタント)期間: 平成12年度 - 平成15年度
    対象: 大阪大学基礎工学部学部生
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研究助成金

  • 平成28年度 - 平成30年度科研費基盤研究C(代表)インシリコとモノをつなぐ汎用的双方向シミュレーションフレームワーク開発と実証研究.(課題番号16K00410
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  • 平成27年度 - 平成29年度沖縄県医療産業競争力強化事業(代表:北野宏明先生、沖科大)次世代型多階層創薬・薬理学シミュレーションプラットフォーム開発による創薬プロセスの効率化.
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  • 平成27年度NIJC, RIKEN BSI, Dynamic Brain Platform 受託研究(代表:我妻広明先生、九工大)ViBrism PF連携を前提とする脳アトラス+数理モデルマッピング法開発.
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  • 平成26年度 - 平成28年度科研費基盤研究A (代表:栗原聡先生、電通大)群知能型手法と数理モデル化手法を組み合わせた多段マイニングによる農業暗黙知抽出.(課題番号26240032
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  • 平成25年度 - 平成26年度科研費若手研究B(代表)神経系多階層モデリングのためのネットワークインフォストラクチャの開発.(課題番号:25730180
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  • 平成25年度 - 平成26年度NIJC, RIKEN BSI, Dynamic Brain Platform 受託研究(代表:我妻広明先生、九工大)DBPF-SimPF 横断的モデル構築・シミュレーションのフレームワーク開発.(課題番号:25730180)
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  • 平成24年度NIJC, RIKEN BSI, Dynamic Brain Platform 受託研究(代表:我妻広明先生、九工大)脳機能モデリングをサポートするためのPhysioDesignerの機能拡張.
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  • 平成22年度 - 平成26年度新学術領域「統合的多階層生体機能学領域の確立とその応用」(代表:倉智嘉久先生、大阪大)次世代多階層生体機能シミュレーション基盤構築と実証研究.(課題番号:22136002)
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  • 平成20年度 - 平成22年度Global COE 若手研究助成(代表:野村泰伸先生、大阪大)モデリングプラットフォーム insilicoIDE、シミュレータ insilicoSim, モデル言語 insilicoML の開発.
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  • 平成20年度 - 平成21年度科研費萌芽研究(代表)フィジオーム・データベース構築を目指す数理モデルプラットフォームの開発.(課題番号:20650012)
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  • 平成19年度 - 平成20年度二国間共同研究(フランス)(代表)教師なし学習を用いた神経発火パターン検出技術の実験的・理論的研究開発.(Alessandro E. P. Villa 教授、グルノーブル大学)
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  • 平成16年度キャノンヨーロッパ財団特別研究員多次元スパイク列データにおける経時的相互作用と非線形ダイナミクス.
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  • 平成16年度学術振興会特別研究員(PD)周期運動の動的安定性制御に係る皮質脊髄路の役割.(課題番号:16-7735
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  • 平成14年度 - 平成15年度学術振興会特別研究員(DC2)皮質脊髄路による歩行運動の動的安定制御に関する理論的研究.(課題番号:14-0485
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受賞

  • 平成28年度 日本太陽エネルギー学会学会賞(論文賞)坂上太一郎,浅井義之,西村美和子,西銘恵三,徳田圭一,川本大輔,所眞理雄,北野宏明.沖縄における直流マイクログリッドシステム実証試験. 太陽エネルギー, 41 (5), pp.43-51, 2015.
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  • 平成24年度 計測自動制御学会学会賞(技術賞)浅井義之,野村泰伸.Physiome.jpにおける統合生命科学推進のためのプラットフォーム開発. 計測と制御,49, pp.525-529, 2010.
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Okinawa Institute of Science and Technology, Integrated Open Systems Unit, 1919-1 Tancha, Onna-son, Kunigami-gun, Okinawa, 904-0495, Japan